قسم الكيمياء الصيدلية هو أحد الأقسام العلمية بكلية الصيدلة ويقوم بتدريس علم الكيمياء الصيدلية وهو علم تطبيقي مهم داخل علوم الصيدلة يتم تدريسه على مدار ثلاث سنوات دراسية، والتي يستطيع الطالب من خلاله تشييد وتحليل الأدوية ومعرفة تركيبها الكيميائي وطريقة عملها داخل الجسم على المستوى الجزيئي بمختلف أقسامها الدوائية مثل أدوية السرطان ومضادات الفيروسات ومضادات البكتريا ومضادات الالتهابات والهرمونات والأدوية القلبية، بالإضافة لتعرفه على آثارها الجانبية وطريقة أيضًا داخل الجسم وارتباط بناءها الكيميائي بالتأثير البيولوجي سواء بشكل نوعي أو كمي. أيضًا يستطيع الطالب من خلال دراسة علم النمذجة الجزيئية والتي تعد علم حديث من علوم الكيمياء الصيدلية – تصميم وابتكارمركبات كيميائية جديدة واعدة بفاعلية عالية وتحسين وتقليل آثارها  الجانبية من خلال استخدام تقنيات النمذجة الجزيئية بمساعدة برامج حاسوب متخصصة.

يلتزم القسم في رسالته بتخريج صيدلي يلبي احتياجات سوق العمل المحلي والإقليمي في مختلف مجالات المهنة كالصيدلة الإكلينيكية والمجتمعية ومصانع الأدوية وأيضًا قادر على إجراء البحوث المبتكرة والتي تقدم حلول تساهم في تطوير ونهضة الصناعة الدوائية واكتشاف الأدوية لعلاج الأمراض الحديثة التي تشغل العصر مثل مرض كورونا المستجد والسرطانات بمختلف أنواعها والتهاب الكبد الوبائي وذلك باستخدام وسائل تكنولوجية حديثة وأيضًا تقديم خدمات مجتمعية واستشارات علمية في إطار قيم أخلاقية.